最早的工程管理硕士（Master of Engineering Management，简称MEM）教育起源于国外，美国是设置工程管理专业硕士最早的国家。20世纪60年代中期，西北大学、杜克大学等著名院校最早一批设立了以工程管理专业人才培养为主的专业硕士学位（MEM）。到2007年，美国已有88所大学提供MEM和类似硕士专业学位，其中包括斯坦福大学、MIT、哥伦比亚大学等世界知名高校。

随着我国经济与社会发展的不断加快，大规模工程建设急需大量既懂工程技术又懂工程管理的复合型人才，为满足我国现代工程事业发展对工程管理人才的迫切需求，先期经中国工程院提议和清华大学进行学科论证， 2010年国家批准设立了工程管理硕士专业学位。国务院学位委员会、教育部和人力资源社会保障部联合成立了全国工程管理专业学位研究生教育指导委员会，秘书处设在清华大学，首届教指委主任委员由时任清华大学校长邱勇院士担任。

清华大学是首批工程管理硕士(MEM)学位授权点学校，2012年开始招收首届MEM学生。2015年设立校级工程管理硕士教育中心(以下简称MEM中心)，MEM中心依托并服务参与培养的院系全面做好MEM的招生、培养、质量保障和校友服务工作，现全校开展MEM培养工作的工科院系十六个：工业工程系、环境学院、机械工程系、精密仪器系、能源与动力工程系、电机工程与应用电子技术系、自动化系、工程物理系、核能与新能源技术研究院、软件学院、车辆与运载学院、化学工程系、建设管理系、水利水电工程系、安全科学学院、深圳国际研究生院。2017年设立全日制国际工程管理硕士(IMEM)项目，面向国际学生招生和培养。2019年清华大学开展了首次针对MEM中心的综合评估工作，专家意见为优秀。2021年参与全国专业学位水平评估，结果为A+。2024年清华大学开展了第二次综合评估，专家意见为优秀。2025年参与全国专业学位水平评估，专家组给予高度评价。

中心设有MEM管理委员会与培养指导委员会，依托校内相关院系，组建了一支规模宏大的教师队伍，目前授课和指导教师500余人。全体教师均拥有博士学位及海外研修经历，具备博士生或硕士生导师资格，在学术型与专业型研究生培养方面积淀深厚、教学经验丰富。在校内师资之外，中心引入来自政府、企业和学术界的资深专家，既有前沿讲座的授课嘉宾，也有参与全球移动课堂教学的国际学者，更有大批企业高管参与硕士论文指导工作。校内外师资阵容强大、实力雄厚。