2003年-2008年，中国工程院一批院士三次向教育部、国务院学位办提议，设置工程管理硕士专业学位。国务院学位办多次组织研讨，2009年委托清华大学组织论证。2010年1月，国务院学位委员会第27会议审议通过，设置了工程管理硕士专业学位。

2011年3月18日，国务院学位委员会、教育部、人力资源和社会保障部在京联合召开全国金融等29个专业学位研究生教育指导委员会成立会议,全国工程管理专业学位研究生教育指导委员会（以下简称教指委）正式成立。

教指委是国务院学位委员会、教育部、人力资源和社会保障部领导下的专家组织，职责是通过指导、咨询、评估、认证、研究等工作开展相关活动和教育建设，推动全国工程管理专业学位研究生教育的改革发展。

教指委秘书处挂靠在清华大学工程管理硕士教育中心。秘书处的职责是保证教指委各项工作的正常运行，为教指委决策提供相关资讯，联系全国各培养单位和相关专家组织，助力推动全国工程管理专业学位研究生教育的改革发展。